Дорогое воспитание и обучение. Монтессори садики и школы в большинстве своем являются платными. И им сложно держать цены на низком уровне.
На приобретение большого количества долговечных и высококачественных учебных материалов, длительное и углубленное обучение использованию таких предметов детьми, а также набор высококвалифицированных кадров требуется много ресурсов. Сертифицированных школ Монтессори не так уж много и они находятся только в крупных городах, что делает такой способ обучения для многих недоступным.
Учебный план кажется слишком свободным. Хотя здесь и нет принципа, что дети делают все, что захотят, программа обучения Монтессори менее структурирована, чем классическая. Особенно явно это выражается в начальной школе. Хотя учитель или воспитатель следит за тем, чтобы дети осваивали знания равномерно, перекоса не избежать. Ребенок, например, может иметь хорошую математическую подготовку, так как постоянно выбирает игру и обучение с таким типом задач, но плохо справляется с заданиями по языку.
Независимость порождает индивидуализм. Мы живем в неидеальном мире, где многим придется работать по найму, а не заниматься предпринимательством или творческой деятельностью. Система Монтессори хороша в воспитании чувства независимости и способствует получению навыка самостоятельной работы. Однако такой подход может повлиять на то, что человек будет неспособен к командной работе или деятельности под руководством.