Библиометрические показатели помогают сравнивать и отслеживать динамику журналов исключительно в одной дисциплине. В связи с этим, данные показатели не всегда бывают объективны или полезны для оценки изданий разносторонней направленности.
Также следует обратить внимание на то, что существуют дисциплины, публикации которых не отличаются высокими показателями цитируемости. Как правило, это касается гуманитарных наук.
Одна из важных проблем расчета индекса цитируемости — это цитирование, которые носит в себе уничижительный характер. Они учитываются в индексе точно так же, как и положительное цитирование. По этой причине индекс не всегда является объективным показателем ценности работы исследователя.
Также не исключаются разного рода манипуляции: искусственная «накрутка» результатов, самоцитирование, публикация одной статьи множеством авторов. К сожалению, многие научные журналы, публикуя на своих страницах тот или иной материал, опираются именно на высокие показатели цитируемости.